Nejdůležitější právní předpisy, týkající se činnosti protiepidemického odboru:
- Zákon č. 258/2000 Sb. o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů;
- Zákon č. 500/2004 Sb., správní řád;
- Zákon č. 185/2001 Sb., o odpadech;
- Zákon č. 183/2006 Sb., o územním plánování a stavebním řádu;
- Vyhláška č. 537/2006 Sb., o očkování proti infekčním nemocem;
- Vyhláška č. 473/2008 Sb., o systému epidemiologické bdělosti pro vybrané infekce;
- Vyhláška č. 306/2012 Sb., o podmínkách předcházení vzniku a šíření infekčních onemocnění a o hygienických požadavcích na provoz zdravotnických zařízení a ústavů sociální péče.