Nejdůležitější právní předpisy, týkající se činnosti protiepidemického odboru:

• Zákon č. 258/2000 Sb. o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů;
• Zákon č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění pozdějších předpisů;
• Zákon č. 541/2020 Sb., o odpadech, ve znění pozdějších předpisů;
• Zákon č. 183/2006 Sb., o územním plánování a stavebním řádu, ve znění pozdějších předpisů;
• Vyhláška č. 537/2006 Sb., o očkování proti infekčním nemocem, ve znění pozdějších předpisů;
• Vyhláška č. 473/2008 Sb., o systému epidemiologické bdělosti pro vybrané infekce, ve znění pozdějších předpisů;
• Vyhláška č. 306/2012 Sb., o podmínkách předcházení vzniku a šíření infekčních onemocnění a o hygienických požadavcích na provoz zdravotnických zařízení a ústavů sociální péče, ve znění pozdějších předpisů ;
• Vyhláška č. 273/2021 Sb., o podrobnostech nakládání s odpady.